ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在这个世界上，存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中，在那里，设立了名为“脑机能异常对策室”的机构，专门解决怪灵带来的危险和麻烦。一条晴彦（下野紘 配音）是一年级新生，亦是对策室的成员，他拥有能够使用绘画封印怪灵的能力，是足智多谋的军师。 川神舞（上坂堇 配音）是一条晴彦的学姐，个性开朗行事冲动的她常常惹出不少的麻烦，和晴彦组成了搭档相互取长补短居然格外的般配。除此之外，温文尔雅的千金大小姐和泉玲奈（早见沙织 配音），特立独行的孤高展示水无濑小系（内田真礼 配音），这些孩子们集结在一起，为了保护他们挚爱的朋友和家园向怪灵发起了宣战。
“你来做我的助手吧。” 有着被卷入事件体质的少年・君冢君彦，在高空一万米的飞机中成为了自称是侦探的天使般的美丽少女・希耶丝塔的助手。两个人为了同世界各地的敌人战斗，三年来在世界各地飞来飞去，展开了令人目眩的冒险旅程。——不久之后，侦探就去世了。 动荡的日子已经过去了一年。已成为高中三年级学生的君冢也沉溺在了名为日常的温水中，过着极其普通的学生生活。在这样的君冢身边出现了一个委托人。 “你是名侦探？” 以和同年级的少女夏凪渚相遇为契机，连接过去和现在的壮大故事再次开始了——
“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。 银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。
远离本土、漂浮在海洋中的“浦岛”。那里有让人错认为是天国的富裕的自然资源，以及有被复杂的过去和古老的习俗所束缚的人们生活着。 在这块被本土抛弃、被逐渐遗忘的土地上，居民们几乎不抱任何希望地在生活着。 突然某一天，一位自称“时间旅行者”的青年漂流到这座岛屿。除了“切那”这个名字和“某个使命”以外的记忆都丧失了的青年，与凛音、夏莲、纱罗这3位少女相遇了，并展开了改变岛的未来的行动。 围绕隐藏着古老的习俗与各种谜团的浦岛，青年和少女们的物语揭开了序幕。
