世纪末超自然学院

　　奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
　　数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。
　　在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。

　　美月（桥本千波 配音）和夕哉（间岛淳司 配音）虽然身为兄妹，却并没有血缘关系，父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡，但随着时间的推移，美月发现了夕哉善良的一面。
　　一位名叫寿日和（小仓唯 配音）的幽灵少女出现在了美月的身边，寿日和告诉美月，自己死于一场交通事故并且丧失了记忆，脑海中唯一能够记得的就是自己非常非常的喜欢夕哉。寿日和附身在了美月的身上，希望能够借助美月的身体帮助自己了却夙愿归天成佛，然而，对于被附身之后态度变得十分奇怪的美月，夕哉究竟抱有着怎样的感情呢？

　　故事发生在近未来的日本，反对日本现今体制的人们纷纷在东京的临海区域定居，并将他们居住的地方命名为东京桃源乡，建智铁也也是其中之一。巨大的怪物突然出现在了东京湾，那是被称为城护众的组织用神秘的秘术所制作出来的妖怪——雷兽。为此，作为维护世界和平的组织ASY特别派出了人型兵器——钢仙迎战。激战之后，钢仙成功击败了雷兽，可是却将避难的船只卷入战场。此时，一位浮在空中的少女出现在了众人眼前，并对钢仙展开了攻击。经过一番搏斗，少女神秘消失，与此同时，铁也邂逅了另一名神秘少女。少女自称楼兰，是乘坐小木船漂流而来，并对自己的过去一无所知……

　　这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚
　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭
　　但人，神，魔三族共同战斗
　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来
　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半
　　二千年以后，世界始终和平安宁
　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它
　　某一天
　　一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙
　　世界的均衡渐渐被打破
　　当巴哈姆特再次发出吼声之时
　　世界再次落入绝望的深渊
　　世界啊，毁灭吧！
　　某个声音如此肯求着

　　这是地狱的故事。在一如既往充斥着亡者的地狱，阎魔大王的第一辅佐官·鬼灯，对大王的辅佐自不必说，还有对亡者的呵责、对狱卒的指导、对现世的视察，过着如此忙碌的生活。这样的鬼灯与不论何时都很愉快的伙伴们，再加上久违的西洋地狱恶魔，以及来自童话的公主和鹤之类，喧闹而又快乐的地狱每一天仍将继续！                        

　　所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协会抹杀的强者——杰德（中村狮童 配音）。满怀怨念的杰德不惜将灵魂卖给恶魔，并带着遭受了同样命运的暗影部落幸村者向猎人协会展开复仇。
　　怨和慈悲的对抗，光明和黑暗的角力……