自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。就在此时，曾对奈斯开枪的亚特，却突然出现在他们面前。亚特心中究竟抱持何种打算？
时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太朗 配音）是眉难高中地球防卫部的部员，一天，当他们在澡堂泡澡时，邂逅了一只名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，它竟然向由布院烟和鬼怒川热史提出了想要让他们帮助他它保护地球的离谱要求。 第二天，在学校里，两人再一次见到了翁巴特，翁巴特给他们戴上了神秘的手环并且签订了契约，哪知道戴上手环之后，他们竟然拥有了变身成为魔法少女的超能力。同样拥有这种能力的，还有笨蛋一年级生箱根有基（山本和臣 配音）、对金钱有着无限渴望的鸣子硫黄（白井悠介 配音）以及在学校里人气极高的藏王立（增田俊树 配音）。
