小学生静儿、大雄、强夫和胖子技安是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但强夫和胖子技安经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象，他胆小内向，经常被强夫和技安欺负得大哭着跑回家。不过，大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“法宝”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“法宝”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出……
在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园小朋友的心智，所以她爱笑爱闹，更喜欢用树枝戳大便。不久，博士和阿拉蕾乘时光机从远古带回来一只恐龙蛋，从中孵化出外形如婴儿确实超级大胃王的阿卡。阿卡和阿拉蕾成天搅得博士手忙脚乱。 当然，企鹅村远不止则卷家的这几个活宝，吃草莓的超人、屁股和鼻子都长在头顶的尼可家大王、牛奶糖4号等，这群怪人让企鹅村每一天的生活都充满了乐趣……
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
