故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
在盖亚塔等待伊月和斯巴鲁的是自称数据生命体的埃尔德。 使盖娅塔无力化的方法有两种。 一个是埃尔德自己促使塔倒塌。 还有一点……战胜了与埃尔德的战斗。 为了拯救世界，两人怀着强烈的觉悟挑战战斗，但与埃尔德的战斗很不寻常，被迫进行苦战。 最重要的是，埃尔德显示了强大无比的王牌的存在。 埃尔德说话。 “因为这个随从，不过是通往绝杰的路”……
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
春日（植田慎一郎 配音）是一个标准的文学青年，成日埋头于书本之间的他将法国著名诗人波德莱尔的代表作《恶之花》奉为圣经。在春日的内心里，同班女生佐伯奈奈子（日笠阳子 配音）就是女神的象征，无奈于自己的平凡，春日只能依靠灼热的目光来传递心中的感情。 一次意外中，春日拾得了佐伯的体操服，鬼使神差之下他将还留有佐伯体香的体操服纳入了囊中，没想到，这一举动被班级里的“不良少女”仲村佐和（伊濑茉莉也 配音）完完全全的看在了眼里，而当春日想将体操服归还给佐伯之时他才发现，事态已经发展到了无法挽回的地步。利用春日的“弱点”，仲村和春日签订了所谓的“契约”，作为保守秘密的代价，春日不可以忤逆仲村的任何要求。恶之花静静的绽放，控制与被控制，一场三人之间的扭曲爱恋拉开了帷幕。
