在盛夏等待

伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她，还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……

这是一个人类科技高度发达，已可以自由出入宇宙的时代……                                                                      　　人们纷纷向太空的殖民卫星移民并形成庞大的群体，随后便为争取政治、经济地位而掀起运动，进而引发了地球与殖民卫星的武力冲突。                                                                      　　战火不断地燃烧，数以千万计人们的生命被一次次的战争埋葬。终于，“第七次宇宙战争”爆发了，这场战争几乎导致人类社会的崩溃。存活下来的人们，在荒废的地球上开始了艰难的重建工作，这一新的时代，被称为战后世纪（A.W）。

　　距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉 饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一直持续下去，雫丘的上空突然出现了谜样的时空城，以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜（小宫有纱饰）。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗，但却遭遇了苦战。
　　战斗中，从别的宇宙赶来的青年春野武藏（杉浦太阳饰）和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽，赛罗给光、胜（宇治清高饰）进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼，和武藏一起突入进了时空城…

　　2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。
　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。
　　《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

　　邪恶的弗利萨利用赛亚人持续实现着他称霸宇宙的野心，但是不断壮大的赛亚人也让他心中升起隐隐不安。最终，弗利萨率领大军突袭贝吉塔行星，孙悟空的爸爸巴达克孤军奋战，最终寡不敌众，和贝吉塔行星一同卷入弗利萨的毁灭之火中。当巴达克再次醒来，却发现自己躺在一颗与贝吉塔行星极其相似的星球上，身边环绕的则是一群从未见过的外星生物。种种迹象表明，巴达克似乎意外回到了久远以前的贝吉塔行星——普朗特行星。
　　正当他倍感困扰之际，邪恶的外星人袭击普朗特，他们是宇宙海贼齐尔德的手下，妄想统治普朗特并夺取具有神奇治愈能力的药物。冷酷无情的巴达克不可避免地卷入宿命的战争之中……

　　抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……
　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。