《福五鼠三十六计》故事发生在一个奇妙的世界里。有三个王国，猫王国、老鼠王国和狗王国。原来和平安乐彼此相处的世界，由于新的猫国国王（小气猫）为了自己的私欲，决定消灭鼠国占领狗国。由于鼠国老国王的懦弱，鼠国逐渐衰落。在鼠国快被消灭时，一个勇敢正义的老鼠（福福鼠）带着四个好友吉吉鼠、翔翔鼠、儒儒鼠、毅毅鼠挺身而出，因而演绎出一出出经典故事。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
平静的一天，喜羊羊、沸羊羊在追逐一个神秘之人的过程中遭到了灰太狼以及恐怖的机械龙的攻击。在此之后，他们得到来自龙乐园的5个小家伙：变色龙、钻地龙、朦龙龙、七窍玲龙和轰龙龙的救助。从小龙的口中得知，龙乐园遭到机械龙无情的袭击，另一国度的危机也间接影响到了宁静祥和的青青大草原。与此同时，喜羊羊的父母也在时空旅行中遭遇意外。为了让龙乐园和青青大草原恢复原状，也为了拯救智羊羊和丽羊羊，羊村的小伙伴全副武装前往龙乐园寻找传说中的龙笛。原本打算去丈母娘家避难的灰太狼，也意外卷入了这场新的冒险之中…… 本片为动画片《喜羊羊与灰太狼》第4部剧场版。
