寒水寺忘忧大师坐化后，一口神秘的黄金棺材入世，掀起江湖纷争。各方势力针锋相对，雷无桀、萧瑟、唐莲、司空千落、天女蕊等相继卷入争端，一场围绕黄金棺材的故事即将上演。 策马江湖梦，倚剑踏歌行。 黄金棺材的秘密，逐渐浮现……
新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。
渐渐习惯了高中生活，曾经的中二病患者暗黑系少年富樫勇太（福山润 配音）无论从外表还是言行来看都已经变成无比正常的男孩了，只是也许命运有意开玩笑，让他的周围充斥着中二病患者或者潜在患者。首当其冲的就是中毒患者小鸟游六花（内田真礼 配音），她无时无刻不在做着各种无厘头且搞笑的事情。学姐五月七日茴香（浅仓幸美 配音）所创立的睡觉部也物以类聚，与小鸟游不遑多让的凸口早苗、外表温柔贤淑但有着强烈黑化欲望的丹生谷森夏（赤崎千夏 配音），可爱的少男少女们交织着校园生活的点点滴滴，上演了一个又一个有趣的小故事…… 本片根据虎虎的漫画原著改编。
尼尔斯（小山茉美 配音）是个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物，爸爸（津嘉山正种 配音）妈妈（池田昌子 配音）对他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。他家常被迁徙的雁群嘲笑的鹅莫尔典经过反复练习飞上了天空，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯 配音），骑着它飞上了天空，跟着大雁群去旅行了。他神奇地能听懂了动物的语言，在湖边他救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼尔斯遇到了很多危险也在成长中磨练了自己，并从各种动物身上学习它们的优点，也帮助了很多动物。尼尔斯骑着鹅莫尔典在慢长的旅途中，还会碰到哪些困难和危险呢？他能否实现他的愿望变大回到家中变成一个好孩子吗？
