历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
主角·城茂的朋友沼田五郎为邪恶组织·黑撒旦所杀，为了复仇，城茂只身潜入黑撒旦的基地，并假装自愿接受改造手术，成为电气人。但因为手术时城茂偷偷拿掉催眠装置，所以他并未被洗脑。在向大首领宣誓的时侯，城茂趁机逃脱。 在逃脱的时侯，城茂救出了被改造成电波人的岬百合子，之后两人便与黑撒旦和迪鲁扎军团的奇械人、改造魔人展开了战斗。
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
第七位的菜鸟魔术师被卷入名为圣杯战争的魔术师之间的战斗，在骚乱的最后召唤出了第一位的Servant Saber，并成为Master奔波于夜色之中……这个耳熟能详的故事开始，虽然「Fate/Prototype」是「Fate/stay night」的原型作品，但在设定上还是有不少的不同，当中最大的分别莫过于Saber这对仆役了，在Fate/Stay Night中作为主角的卫官士郎在Prototype中并未出场，Prototype中主角是一名叫沙条绫香的女生，而Saber则是男性而非女性。好胜、聪慧却多少给人以有些厌世的出家人之感的绫香，以及立于少女背后一遍嘴里损个不停一边微笑着守护她的Saber，两人的组合就是这样一种关系，参照Fate/Stay Night中远坂凛和Archer（英灵卫宫）的组合就可以很好的理解。因此沙条绫香与卫宫士郎的关系并非是原型或性转这么简单，非要说的话，沙条绫香可以说是远坂凛一部分的原型。「Fate/Prototype」是作者奈须蘑菇在中学时就构思出来的，对后来的「Fate/stay night」和其他Fate系列作品创作都有很大的影响。
