新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。
ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
真道幸路朗，就职于外务省，是一位拥有出色能力的交涉官。一日，在羽田机场，当真道所乘坐的客机准备起飞时，突然上空出现了谜之巨大立方体。“那个”急速地巨大化，并且吞噬了这架载有252人的客机。 巨大立方体名为「KADO(门)」。从KADO中现身的谜之存在——雅哈奎扎修尼那尝试着与人类的接触。而被困在KADO之中的真道，成为了雅哈奎扎修尼那与人类之间负责穿针引线的调停人。 另一方，日本政府派来国际交涉官·徭沙罗花作为代表送到了事件现场。 雅哈奎扎修尼那到底是何方人物？他的目的又是什么？
