因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。
有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
不久的未来，青少年之间开始盛行着弹珠人竞技，然而在弹珠人竞技界中有出现如此的风声：“传说有个只有被选上的稀有弹珠人参赛者才能参加的‘秘密弹珠人大赛’”。在此同时，其中一位刚接触弹珠人的玩家龙崎翔，伴随着他手上的弹珠人“神威苍龙”，想借由在这场死斗中一路过关斩将，揭露其中“秘密竞赛”的真面目......
结城新十郎（胜地凉 配音）是一名侦探，在得力助手因果（丰崎爱生 配音）的帮助下，破解了一个又一个神秘诡异的案件。从表面上看来，因果是一个俊俏的少年，但他的真身是一个能够吞噬灵魂的神秘女人。而所发生的一连串案件，似乎和因果特殊的能力脱不了干系。 新十郎的竞争对手海胜麟六（三木真一郎 配音），经常将父亲麟六的情报透露给新十郎的可爱少女梨江（山本希望 配音），强势能干的检察官虎山泉（本田贵子 配音），警察局课长速水星玄（入野自由 配音），一个又一个亦敌亦友的角色出现在了新十郎的周围，而在他们交织的背影之后，隐藏了一个惊人的秘密。
一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
