頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生 配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子 配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美 配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子 配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈 配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。 新学期樱高的各大社团都开始紧锣密鼓地招新，轻音部也使尽了各种办法，她们在新生欢迎会上的演出，能否吸引新人加入呢？K-ON!的青春故事在第二季中继续进行！
土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。 海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？
