原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
灰岛公誓（小野贤章 配音）是一个将全部的热情都倾注到了排球这项运动上的少年，然而他的过分认真却导致了一场意外的发生，令灰岛不得不告别了东京，搬回了老家福井重新开始新的生活。在福井，生活着灰岛的青梅竹马黑羽祐仁（榎木淳弥 配音），当得知童年好友即将归来时，黑羽心中充满了兴奋之情。 然而，灰岛的性格早已经和从前不同了，一连串事件的发生导致了灰岛和黑羽之间友情的破裂。一转眼来到第二年，灰岛升上了当地的高中，理所当然的加入了学校的排球队，在这里，他遇见了体型娇小却热血满满的主将小田伸一郎（伊东健人 配音）和他的搭档毒舌副将青木操（梅原裕一郎 配音）。
26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。
在业界大牌唱片公司“犍陀罗音乐”，以A&R身份就职的主人公·澄空翼。她和所负责的偶像组合“B-PROJECT”的成员们一同，跨越各种麻烦和突发事件，梦寐以求的JAPAN Dream Live也获得大成功！向下一个舞台进发的翼与“KITAKORE”“THRIVE”“MooNs”，与来访的“KiLLER KiNG”相遇。“B-PROJECT”emotional的next stage，现在开幕——！
