阿澄皇哉（山中真寻 配音）是在大学里就读的大四学生，为了补贴家用，在课余时间里，阿澄还从事着家政夫的兼职。这一次，阿澄的雇主是一个名叫成濑圭一（寺岛惇太 配音）的男人，他独自抚养着年幼的儿子一佳（古木望 配音），阿澄的出现大大的缓解了他在家务上的压力。 圭一的脸蛋生得非常娇俏，娇俏的甚至都不像一个男人，他的存在渐渐的吸引了阿澄的注意，阿澄发现自己总是不自觉的顶着自己的主人发呆。一次偶然中，阿澄发现了圭一欲求不满的一面，这巨大的反差让阿澄对于圭一的感情犹如山洪一样的爆发了。
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
故事发生在贵族私立学校斯特拉女子学院高中部内，雾岛莲都（牧野由依 配音）是刚刚进入学校就读的新生，对贵族学校之中优雅而又高贵的生活充满了憧憬，并且立志要加入充满了艺术气氛的美术部。然而，直到加入了美术部之后，莲都才得知，美术部和艺术根本就没有半点关系，而是一个利用BB枪和野战的形式来维护校园内部稳定和安全的“特别处置团体”。 除了莲都外，个性大大咧咧不拘小节的鹿岛园罗（泽城美雪 配音）、率真耿直的初濑卡莉娜（茅野爱衣 配音）、沉稳优雅聪慧过人的陆奥穗香（斋藤千和 配音）等人都是社团中的成员。
本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
