故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。 而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。
这是一个将艺术视为魔法的世界，每一年，星之森魔法艺术高中都会向世界各地输送大量具有魔法艺术家潜质的毕业生，他们会活跃在闪亮的舞台之上，给观众们带来快乐。爱咲小花（千本木彩花 配音）是学校里新来的转学生，盛大而重要的星之森夏日祭即将拉开序幕，初出茅庐的小花，竟然在误打误撞之中成为了祭典的实行委员。 外冷内热的一条寺帝歌（梅原裕一郎 配音）、特立独行沉浸在自己的世界里的墨之宫葵（大桥贤一郎 配音）、开朗元气的带刀凛太郎（小野友树 配音）、成熟圆滑的庵条瑠衣（羽多野涉 配音）、内向沉默的土笔茂音（苍井翔太 配音）、样貌可怕但内心却十分温柔的响奏音（江口拓也 配音），等待着小花的，是这六名有个各自独特风格的艺术家们，他们能够相处愉快吗？
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
