不幸的少年，高中生绫崎飒，为浪费无度的父母而被迫辛苦打工，怎知道借了1亿5000万日元高利贷的父母却逃之夭夭，用绫崎飒本人抵债。 为了偿还高额巨债与逃避高利贷的追杀，绫崎飒选择诱拐一名少女。但阴差阳错，他却成了将这名少女从绑匪手中拯救出来的英雄。 深受感动的少女表明身份，原来她是大富翁家的大小姐三千院凪。凪不仅帮绫崎飒偿还了1亿5000万日元的债务，更雇佣他到三千院家做管家。就这样，御宅族大小姐三千院凪与绫崎飒的羁绊生活开始了。
主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。 但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
总学生人数为5万4千人的私立萨修诺学园，采从初等部、中等部到高等部一贯教育系统。所以，在这学园内有著多到数不完的社团活动，而其中最让人感觉奇异的社团，便是“英雌部”。 英雌部的一切活动，均是在暗地里进行，旁人皆不得而知，因此在学园内的风评不佳。但是，从一位品学兼优运动万能的美少女东云知花为开头，社团内充满著个性美少女。这些女同学，将刚进入高等部的少年三船传助，强迫其加入社团。人生平淡无奇的传助一加入后，开始了艳遇、爱情、麻烦接踵而来的学园生活，就此开演……
文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。 作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。 刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。 与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。 刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
