城市中出現了來歷不明的光病毒。SRC中的Eyes隊成員為要確認光源搜尋至鏑矢島，遇上了對怪獸充滿愛心的預備飛行員春野武藏。此時，光病毒入侵怪獸力特里亞斯體內，力失控，Eyes準備向力發動攻擊，武藏決要阻止，危急中，超人高斯終於回來。
大部分的人类，在这个时代里都拥有名为“个性”的力量，但有力量之人却不一定都属于正义的一方。 只要邪恶出现的地方，必定会有英雄挺身而出拯救众人。 一名天生没有力量的少年——绿谷出久从小就憧憬一位顶尖英雄，而他的梦想就是成为伟大的英雄， 可是，没有力量的他能实现自己的梦想吗？ 虽然困难重重，少年却依旧不放弃，朝着自己的目标勇往前进！
故事内的世界大约与现实中的1930到40年代相当。当时飞机刚发明不久，主要在战争中使用，一般旅行大多乘坐火车。故事中的世界只有一个大陆存在，而这个大陆被中央的路妥尼河及中央山脉分隔成东西两部份。大陆东侧为洛克希昂努联邦（简称洛克榭，官方语言为洛克榭语）及西侧贝佐·伊尔拓亚联合王国（简称斯贝伊尔，官方语言为贝佐语）。两方对于「哪一边才是人类的起源」这个问题争执不下，最后诉诸于战争。虽然现在是休战状态，但仍然常有武装冲突。最近一次是世界曆3277年时发生的列司托奇岛（一座路妥尼河上的小岛）纷争。洛克榭的姓名命名方式为，姓氏在名字后面；而在斯贝伊尔则是姓氏位于名字之前。
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍无可忍之下，暴发了农民起义，许多天主教农民揭竿而起反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。 当时的起义在1638年暴发，以妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒三万七千余人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力十二万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！ 这个事件过去不久，天草四郎却真的复活了！负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发…… 故事中天草四郎以妖术打开地狱之门，召唤宫本武藏、荒木又右卫门、宝藏院胤舜等历代豪杰的鬼魂从魔界复活，企图毁灭德川政权，与知名剑豪柳生十兵卫，展开一场鬼哭神号的正邪对决。
堀江青（和气杏未 配音）表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生，实际上，她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家，这让青感到非常的自卑，并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望，就是能够摆脱父亲的存在，开始独自一人的生活，为此，她非常努力的用工念书，希望能够考上理想的大学。 让青没有想到的是，班上的风云人物，和自己八竿子都打不到一起的木岛（寺岛惇太 配音）竟然和自己告白了，虽然处于本能，青拒绝了木岛，但是实际上，她对木岛的存在非常的在意。恋爱还没有开始，青的脑海里就已经充满了桃红色的幻想，这样下去，她人生的第一次恋爱能够成功吗？
