位于东京御台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」9名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。传达到吧！我们的心动——现在，再一次追逐梦想吧！
在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。 很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。
无论外表还是内在，相川步（间岛淳司 配音）都只能说是一个平凡无奇的普通少年，然而，一次诡异的遭遇却彻底改变了他原本波澜不惊的生活。社会上流传着令人闻之色变的连环杀人案，相川步做梦都没有想到，某一天，他会和这一案件扯上关系，而在案件中，他的身份是“被害者”。 本以为短暂的一生就此走向终结的相川步眼前出现了名叫优（月宫绿 配音）的神秘少女，正是少女的力量令相川步获得了起死回生的“特殊待遇”，然而，尽管相川步回归了人间，但他再也不能够重新做回人类，而是变成了僵尸。就这样，相川步被卷入了魔法少女和吸血忍者们所构成的奇异世界之中，会有怎样的故事在等待着他呢？
