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这是《福音战士新剧场版》的第四部，也是最终版。美里以及她的反 NERV 组织 Wille 来到巴黎，这里被核心染成红色，奇迹号战舰的船员降落在安全塔上，他们只有720秒能修复这个城市。 NERV的福音战士群出现时，真理的EVA改八号机进行拦截。与此同时，真嗣、明日香和绫波丽（暂定名）在日本的土地上徘徊。

在纽约的罗斯福岛上，四位女主角凯特、萝丝、克莱儿以及瑞秋她们经历了在此地发生的一连串神秘自杀事件。之后她们所就读的学校因为有学生自杀（似乎被卷入了这场神秘事件）而宣告停课，而她们四人被一只神秘的蝴蝶引导到一处奇怪的地点，而她们却被一群神秘的人物宣告“死亡”；如果她们还要继续存活下来，她们只得别无选择地逐一猎杀眼前所出现的怪物。

　　头领战士分别加入两派，形成新的对抗，擎天柱牺牲。巨无霸战舰出现，汽车人取得战略优势。撒克巨人开始露面，阴谋争夺权力。惊破天在地球北极战斗中被深埋在冰川下。撒克巨人掌权，秘密制造巨型变形金刚。撒克巨人躯体完成，巨无霸伏特使出了玛斯塔剑击败撒克巨人。火星被霸天虎炸毁。补天士传位于巨无霸福特，流浪宇宙。撒克巨人秘密制造对抗玛斯塔剑的撒克盾，成功抵挡巨无霸。霸天虎暗中抵达地球，策划终极的爆炸地球计划，汽车人奋勇保护，最后在南极决斗中，以团结的力量摧毁撒克巨人。
　　1 从天而降的四勇士
　　Four Warriors Come Out of the Sky
　　2 马斯塔星之迷
　　The Mystery of Planet Master
　　3 第二代擎天柱诞生
　　Birth of Double Convoy!
　　4 卡式作战
　　Operation:Cassette
　　5 比斯特星人暴动
　　Rebellion on Planet Beast
　　6 恶魔陨石袭来
　　Approach of the Demon Meteorite
　　7 四百万年的遮掩现象之迷
　　The Four-Million-Year-Old Veil of Mystery
　　8 恐怖的六个影子
　　Terror of the Six Shadows
　　9 危机笼罩斯比顿星球,上
　　Cybertron is in Grave Danger(1)
　　10 危机笼罩斯比顿星球,下
　　Cybertron is in Grave Danger(2)
　　11 萨克巨人的阴影
　　Scorponok, the Shadow Emperor
　　12 火山之迷
　　The Dormant Volcano Mysteriously Erupts
　　13 萨克巨人与巨无霸福特
　　Head On, Fortress Maximus
　　14 火星爆炸！巨无霸福特的危机
　　Explosion on Mars! Maximus is in Danger
　　15 火星爆炸！萨克巨人出现
　　Explosion on Mars! Megazarak Appears
　　16 归来的钢铁巨人
　　The Return of the Immortal Emperor
　　17 行星桑德拉的呼救
　　SOS from Planet Sandra
　　18 世界上最宝贵的东西
　　The Most Important Thing in the World
　　19 蜂巢星上的决斗
　　Battle to the Death on the Beehive Planet
　　20 伪装星球攻防战
　　Tide-turning Battle on the False Planet
　　21 揭穿萨克巨人的弱点
　　Find Megazarak's Weak Spot
　　22 友谊的力量
　　Head Formation of Friendship
　　23 宇宙海盗船的秘密
　　Mystery of the Space Pirate Ship
　　24 马格拉斯(通天晓)之死
　　The Death of Ultra Magnus
　　25 消失在冰山的破坏大帝
　　The Emperor of Destruction Vanishes on an Iceberg
　　26 恐怖大帝的惨败
　　I Risk My Life for Earth
　　27 新的目标马斯塔星球
　　Miracle Warriors - The Targetmasters(1)
　　28 先锋战士
　　Miracle Warriors - The Targetmasters(2)
　　29 危机—马斯塔剑
　　The Master Sword is in Danger
　　30 撒克盾攻防战
　　The Zarak Shield Turns the Tide
　　31 狂派歼灭战
　　Operation: Destroy the Destrons
　　32 我的朋友六面兽
　　My Friend Sixshot!
　　33 星形线上的决斗
　　Duel on the Asteroid
　　34 最后的地球大决战(上)
　　The Final Showdown on Earth(1)
　　35 最后的地球大决战(下)
　　The Final Showdown on Earth(2)

世界をめぐり、怪物と戦い、人々を守る。 そんな冒険者に憧れる少年・ノールに下されたのは、 「全てにおいて、一切の才能がない」 という残酷な判定だった。 でも才能がないなら、誰よりも努力すればいい！ 身につけた最低スキル──攻撃を弾く【パリイ】を 十数年もの間ひたすら磨き続け、 ついには千の剣を弾けるように成長する。 しかし、どれほど極めても最低スキルだけでは冒険者にはなれず、 ノールはいつの間にか世界最強クラスの力を手にしながらも それを自覚することもなく、街の雑用をこなす日々をおくっていた。 そんなある日、 魔物に襲われている王女・リーンを偶然助けたことで、 ノールの運命の歯車は思わぬ方向へと回り出す……！

人間の住む「物質界アッシャー」 と悪魔が住む「虚無界ゲヘナ」。 本来は干渉することすらできない二つの次元だが、 悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。 しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う「祓魔師エクソシスト」が存在した―― 運命と対峙する霧隠シュラのエピソードや、正十字騎士團の闇が浮かび上がる「雪ノ果篇」。 奥村燐・雪男の出生の秘密――〝青い夜〟の真実に迫る「終夜篇」。 物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――