与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
迷宮都市・リューイン。 モンスターはびこる迷宮があるこの町には、 数多くの冒険者たちが集まっていた。 命を落とし転生した主人公は、迷宮の中で目を覚ます。 その外見は、どう見ても仔猫！？ しかし正体は──災害級のSランクモンスター 《ベヒーモス》の幼体だった！ 彼が出会ったのは、駆け出しのDランク冒険者・アリア。 仔猫と勘違いしたアリアは、重傷を負っていた彼を連れ帰って手当てし、 「タマ」と名付けてペットにする。 その優しさに心を打たれたタマは、アリアを守る騎士となることを誓うのだった。 Sランクの力を活かし、アリアと共に迷宮を冒険するタマ。 個性豊かな仲間たちと出会い、時に溺愛されながら、 騎士（ペット）としての日々が始まる！
時は西暦1333年、武士による日本統治の礎を築いた鎌倉幕府は、 信頼していた幕臣・足利高氏の謀反によって滅亡する。 全てを失い、絶望の淵へと叩き落とされた幕府の正統後継者・北条時行は、 神を名乗る神官・諏訪頼重の手引きで燃え落ちる鎌倉を脱出するのだった…。 逃げ落ちてたどり着いた諏訪の地で、 信頼できる仲間と出会い、鎌倉奪還の力を蓄えていく時行。 「戦って」「死ぬ」武士の生き様とは反対に 「逃げて」「生きる」ことで乗り越えていく。 英雄ひしめく乱世で繰り広げられる、 時行の天下を取り戻す鬼ごっこの行方は―――。
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。 季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
