魔晶学院近在咫尺，千瑞，御风和乌拉拉却被挡在了门外。失落的大家遇到了学长吉吉特，在吉吉特的帮助下，千瑞他们认识了绿色学院的长老天劫，还阴差阳错的获得了考试资格。大家一路过关斩将，顺利通过了五大长老严苛的考试，终于成为了魔晶学院的学生！然而当初答应天劫长老的要求，却让大家惹祸上身，一场大战在所难免。而魔晶学院16年前的秘密也逐渐被揭开。
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
故事发生在长白山深处的一座神秘村庄——本草村，这里的居民是一群无忧无虑的小精灵。我们的主人公参宝，和他的朋友们——萝卜、茸仔、乌拉草以及小女孩糖糖，一起过着幸福快乐的日子。可是有一天，一个飞碟坠落在长白山上——喜欢破坏美好事物的外星人拉比来了，他的到来打破了本草村平静而快乐的生活!参宝和他的伙伴们用自己的力量，与外星人展开了一场斗智斗勇的保卫战，最终找到了与他们和平共处的办法。
