恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
蕾是个非常喜欢花草植物的中学二年级生，绘里香是个喜欢服装设计的中学二年级生，某日她们梦见了在一个充满美丽花草的地方，还有妖精四处飞舞····· 而就在几天后转学到明堂学园的蕾，真的遇上了在梦里见到的妖精，妖精也向蕾表示，希望她能够为守护“心之大树”、并让大家的“心之花”绽放而战······一次偶然的机会，绘里香也加入了进来，和蕾成为了光之美少女……
转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。 季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？
