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「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」                                                                      　　在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。                                                                      　　幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。                                                                      　　他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。                                                                      　　夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。                                                                      　　他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。                                                                      　　她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。                                                                      　　从海底被打捞上来的亚托莉说道。                                                                      　　「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」                                                                      　　在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——

　　为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。
　　操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……

　　20世纪初的英国。孤儿院快乐长大的ナージャ，在满13岁的前几天，收到了一个包裹，里面有一件礼服及一本日记本…此外，也带来了母亲还活着的消息。 但是，接到包裹的那一天，孤儿院起了场大火，知道一切都是由於自己关系的ナージャ，决定提前离开，踏上了寻找母亲的旅程…
　　成为剧团ダンデライオン的舞者，一边跟着大家到处旅行，一边循着日记上的线索打听母亲的下落…
　　随着旅行的扩展…遇到了许多人、许多事… _
　　报社的兄弟、好心的商人、画家…以及在大火的晚上救了ナージャ的骑士-フランシス，「有一天，还会再见面吧…」ナージャ这样想着，展开了无限的旅程…
　　很久很久以前…大约一百年前…孤儿院长大的少女…面对命运之门而踏上旅程