在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
李无妄某天突然觉醒，发现自己作为反派，正挟持万潮宗圣女晚筝出逃。就在李无妄还没反应过来时，面前出现的“系统”则快速向其发布了任务：剥夺天命之人的天命值。要么完成任务活下来，要么任务失败，成为死于天命主角剑下的蝼蚁。
土豆性格懒散，时不时还会充下愣，卖下萌，耍下贱，平生有两大嗜好——吃饭和睡觉。按照土豆村的规矩，每个成员到了一定年龄都必须外出修行，但土豆却迟迟未动身。土豆爸爸无可奈何，只能乘着土豆熟睡的时候把他绑在一只巨大田鼠身上。当土豆醒来的时候已经身处一个繁华的都市中。 土豆无意中捡到无上神器“麒麟筷”，而受到各门派的追杀，慌不择路之下躲到了七号厨房中。土豆又在不经意中召唤出武魂“千年老参”，被迫作了他的徒弟，不情愿的担负起恢复江湖和平的重任。另一方面，麒麟筷藏在七号厨房的消息不胫而走，引得各种稀奇古怪的江湖人士前来抢夺，精彩且爆笑的故事从而拉开序幕……
末世来临，恐怖笼罩整个世界，地球成为丧尸和变异生物的狩猎场。贫穷少年赵天磊意外获得神秘超级系统，当他目睹眼前人间的惨状，以及身边人的逝去，又怎能做到袖手旁观？！且看拥有超级升级和兑换系统的赵天磊，带领人类与怪异对抗，恢复人类文明！
黑星盟消失后，城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天，陆地能力团攻击了海底宫殿，面对拥有新武器的蛮酷二人组，一宏毫无还击之力。而后，曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上，陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开！
