在无神世界进行信仰传播活动

　　西暦2017年、世界最大の大規模オンラインゲームとして栄華を誇る『The World R:2』（ザ ワールド リビジョンツー）。そのネットワークが放つ力場に引き寄せられた17歳のある高校生は“ハセヲ”という名のキャラクターを作り、その世界にログインする。しかし、友人から聞いた話と違い、そこはPK行為が認められた殺伐とした雰囲気に満ちていた。ハセヲはすぐにPK行為に遭い、ロスト（ゲーム内での死）してしまう。
　　ハセヲを蘇生させたのは“オーヴァン”と名いうPCだった。PKに遭った事でこのゲームに不快感を示すハセヲにオーヴァンは「君には“資質”がある」と語る。不可解に感じ、その場を離れるハセヲ。だが、この時からハセヲの前には『The World』での有名プレーヤーが接触してくる様になる。
　　オーヴァンは『The World』内でも特異な存在として知られており、彼らはそんな彼が目を付けたハセヲに何らかの特殊な能力があるのではと考えたのだ。そんな雰囲気を“ウザい”と感じたハセヲは誰も居ないフィールドで一人レベル上げを空しく続ける。そこへ現れるPKキャラ。圧倒的なレベルの差に再びロストの危機に陥ったハセヲを救ったのは、一人の少女キャラ・志乃であった。志乃はオーヴァンが率いるギルド（プレーヤー集団）「黄昏の旅団」のサブリーダー的存在であり、ハセヲを「黄昏の旅団」へと導くためにやって来たと語る。巨大ギルド「TaN」からの勧誘も受け困惑するハセヲであったが、紆余曲折の末「黄昏の旅団」への入団を選択する。

　　高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。                                    
                               　　个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？

“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。                                    
                               　　故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……

　　在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织 配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……
　　本片根据竜ノ湖太郎（文）、天之有（插画）的原作改编。

　　怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？
　　此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！
　　同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……