C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
日本で大会「デラックス」を勝ち抜いた ユウユ、ライカ、トウヤはアメリカに招かれ、 エキシビションマッチで各地を回っていた。 ミチルの依頼を受け渡米していたダンジは デラックス大会の裏を探るうちに、 ファイター失踪事件との関連を疑う。
“為せ 汝の欲することを” かつて世界を救った英雄達がいた。 数多の英雄達は〈破壊〉の力と戦い、 この世界を守ったのだ。 そして、時は流れ―― 英雄たちは歴史の彼方へと去り、 彼らの力を身に纏い戦う〈継承者〉と呼ばれる 少年少女達に世界の運命は託されることとなった。 〈継承者〉の頂点に立つ〈セブンナイツ〉の一人、 少女ファリアは押し寄せる〈破壊〉の軍勢との戦いの中、 ネモと名乗る一人の少年を救う。 激戦の中、 ネモは自らも知らぬままに〈英雄〉の力を喚起し、 〈継承者〉としての力を振るう。 だが、彼の〈英雄〉は 誰も知らぬ、誰も語らぬ者だった。 そしてこの時より始まるのだ。 過去と現在の交錯する魂の旅路が――
