这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！
幸平创真（松冈祯丞 配音）出生于料理世家，其父经营着一间家庭餐馆，小小年纪的幸平即将父亲当做了榜样，发誓成为父亲那样的料理家。某一日，父亲找到了幸平，希望他能够进入顶级的料理学校“远月学园”深造磨练，背负着父亲的期许，幸平踏上了旅程。 在学校里，幸平结识了名为薙切绘里奈（种田梨沙 配音）的少女，这位传说中拥有“神之舌”的傲娇少女，竟然将幸平所作的料理判定为“不合格”。外表热情开朗内心极有城府的一色慧（樱井孝宏 配音）、拥有孱弱身体和强大头脑的丸井善二（小林裕介 配音）、活泼开朗的吉野悠姬（内田真礼 配音），与这些“同行”交流着，竞争着，幸平还有很长的路要走。
特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的“银河斯特利姆形态”的登场。将前作规模升级，是一部全面展开冒险的特摄片。
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
