一段消失在尘烟的文明，远古的大佬们谋求着各自的成皇之路。一颗本为棋子的现代青年姜浩，为了找寻父亲的下落，踏入史前的大荒。借着自身并不完整的“充电宝”图腾，他与人斗，从原始部落到神秘的古城，他杀出一条生路；他与地斗，穿越大荒，猎杀远古的凶兽，从凶兽的身上，学会古老又神秘的图腾巫术；他与天斗，天外魔光乍现，要吞噬这瑰丽的六荒之地，他逆流而上，点燃自己，化为太阳，与天魔而战！搅天动地的他，殊不知命运的枷锁已经将其套牢，而父亲的微笑依然萦绕。
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
