《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
小津一家独自居住在一栋西式大宅里。其一家之主是深雪、与经营自营农园的长子・莳 魔法战队魔法连者标志 魔法战队魔法连者标志 人负责养育著其余四个孩子，一个过著普通生活的家庭。 就在一个星期日的早上，在一家人的面前出现了一个魔法阵，而从里面居然跑出一个丑恶的妖怪。就在孩子们不知如何是好的时候，妈妈深雪拿出一个造型奇妙的移动电话，并且用它变身成像是穿着白色战衣的天使一般的形态，将妖怪两三下打倒。 回到家后，深雪告知惊讶不已的孩子们说。先前所打倒的妖怪是为了侵略地上界而曾被“天空圣者”所封印的地底冥府印菲西亚的冥兽。自己是为了与复活的印菲西亚战斗，授以天空圣者的魔法可变身成魔法使・魔法圣母。而且孩子们也与自己同样拥有魔法使的资质……
完全不相信妖怪存在的芦屋花绘，某天突然被一个毛茸茸的妖怪缠上，从此“葬送”了平凡的高中生活。
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。 吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。 警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……
一场名为“REFLECTION”的世界大灾害突如其来，夺走了许多人的生命，幸存下来的人得到了特别的”力量“。 大灾害过了3年，在纽约举行的追悼会，那个”力量“以恐怖主义的形式展示在人们面前。站在染上黑暗的能力者面前的是身分不明的面具男埃克森、身穿金属铠甲的艾盖以及追着埃克森、投身于战斗的少女埃莉诺。 “REFLECTION”为何会发生？目的又是什么？现在，谜团将会解开……
東京都高度育成高等学校、それは進学率・就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される夢のような学校。しかし、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校であった。3学期を迎え、DクラスからCクラスに昇格した綾小路たちは、林間学校へと向かう。そこで実施されるのは「混合合宿」と呼ばれる全学年合同で行われる特別試験。その名の通り、男女別に分かれ、必ず複数のクラスが混合するグループをいくつか作り、そのグループ単位で採点される試験である。これまで敵として争っていた他のクラスの生徒たちとも協力しなければ、高得点を得ることができない状況、そして何よりボーダーラインに届かなかったグループからは退学者が出るというルールに慄く一同。波乱を呼ぶ激動の3学期が今、幕を開ける！
