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工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　故事发生在名为蓝色之声的配音演员事务所之中，在这里工作的，都是那种初出茅庐，并没有什么配音经验的无名小卒，而他们共同的特点，就是对配音这项事业充满了热情和冲劲。
　　半路出家，还在上培训班就决定入职蓝色之声的六石阳菜（内山悠里菜 配音）、说话直来直去个性大大咧咧，为了弟弟才入坑的高中生鹰取舞花（稗田宁宁 配音）、性格内向，总是无法很好的表达自己想法，同时也对自己的声音充满了不自信的鹿野志穗（守屋亨香 配音）、从小就渴望成为配音演员，如今成为了众人内心里坚实的依靠的月居穗乃香（绪方佑奈 配音），活跃在蓝色之声的，是这些个性迥异的配音演员们。

　　第14回サイバーフォーミュラWGPX。その最終戦でハヤトの指示にアスラーダが異を唱えたのが発端となり、違うマシンに興味を抱いたハヤトは新シャーシの完成を待つこともなくガーランドで15回大会に挑む決意をする。
　　15回大会は開幕から大波乱を巻き起こした。新条を解雇し今日子を副社長に格下げしたアオイが、新オーナーに名雲京志郎を、新ドライバーにフィル・フリッツを起用。そして謎のニューマシン『アルザード』で超人的なタイムを叩き出したのだ。その速さに焦りを感じるライバルチームをよそに、次々と優勝をさらうアルザード。
　　誰も寄せ付けないその驚異のスペックに、ハヤトさえまともに勝負できず自暴自棄になる。しかしアメリカでストックカーをしていた新条の言葉に目を覚まされ、謙虚にアルザードに挑もうと決意した。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。