七年前，楚云飞遭家族聚变，流落中州药王谷。 七年间他凭着自己的努力，名震中州修炼界，随后他回过故土报仇，立誓要查清当年真相。然而在此过程中，他屡遭暗算，经过艰难调查，他惊讶发现幕后黑手竟是如今执掌帝国的帝后……
皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。 危急关头，皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等，大家共同商议如何对付白客公司。同时，白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战，夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。 舒克贝塔终于找到恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓住，在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来做实验。
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。 凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
