故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
アインズは悩んでいた。 アインズ・ウール・ゴウン魔導国の王として、この国をどのように導くのか。 アルベド、デミウルゴスら優秀なNPCたちと不眠不休で働けるアンデッドによって、 魔導国は今や安全で飢えもない場所となっている。 しかし、そこで暮らす人々はいまだ恐怖と不安を抱え、 街は火が消えたように静かでかつての活気は失われていた。 答えが見つからぬ中、アインズは一人で冒険者組合を訪問。 組合長のアインザックにある提案をする。 一方、突如できた魔導国に戸惑う諸国の支配者たちも各々に対抗策を講じていた。 果たしてアインズは各国の謀略を阻み、自身の理想郷を作ることができるのか。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
