为美好的世界献上祝福！第三季

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… 　　“所以说过去的事情我不知道啦！” 　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 　　接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

　　突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。                                    
                               　　意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。                                    
                               　　为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，                                    
                               　　被称为“子体”的兵器。                                    
                               　　负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。                                    
                               　　因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，                                    
                               　　他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。                                    
                               　　身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，                                    
                               　　两人漫长且炙热的故事就此展开。