舞台是东京新宿…… 樱花盛开的季节里，转校来到「真神学园」的迷团重重的男子「绯勇龙麻」。 就像被引导着一样，结识了剑道部的「蓬莱寺京一」，摔跤部的「醍醐雄矢」，射箭部的「樱井小蒔」，以及学生会会长「美里葵」。 他们受到突然或心活性化的《龙脉》的影响，《拥有的力量的人》觉醒了。 与此同时，同样受到龙脉影响的被叫做《鬼》的异形也出现了，并且开始了对东京的袭击。 并且，存在着使用《外法》操纵这些鬼怪的人。 为了保护东京的龙麻一行，不久又和要逃离自身的《宿星》相遇了……
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
