该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
天元八年月千雪惨遭夕暮国细作陆芊芊与陆离陷害战死落日城，而在月千雪死后的一年，花晴明也未能守住长平京，天下自此生灵涂炭。诸葛仁枫不忍苍生遭此劫难，以寿元为代价用东皇铃做媒介使两人重生回天元六年，自此月千雪、花晴明两人拯救苍生的命运交织在了一起……
故事发生在民国初期，廖思成（刘小锋 饰）和方天翼（张若昀 饰）是富商顾汉森收养的义子，两人和顾汉森的亲生女儿顾婷（吴婷 饰）一同长大，彼此之间情谊十分深厚。从黄埔军校毕业之后，廖思成前往日本深造，在此期间，他邂逅了美丽的日本女子大岛由美（章雯淇 饰），两人相知相恋，无奈九一八事变爆发，廖思成告别了爱人，回到了祖国。 那一边，勇敢聪慧的方天翼深受戴笠（吴秀波 饰）的喜爱和信赖，戴笠赋予了他“黑狐”的代号，隐藏在此假面之下，方天翼在顾婷和同僚俞梅（李曼 饰）的帮助下，同日本人和汉奸斗智斗勇，可实际上，俞梅和廖思成一样，是隶属于中国共产党的地下党员。
