这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
位于东京御台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」9名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。传达到吧！我们的心动——现在，再一次追逐梦想吧！
