奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
表面看来，砂户太郎（福山润 配音）不过是一介普通少年，但在那人畜无害的面孔之下，隐藏着极为扭曲的个性，没错，砂户太郎是那种一旦被女性粗暴对待就会兴奋的浑身发抖的超级受虐狂！砂户太郎一直深深爱恋着被称为“志穗璃公主”（佐藤利奈 配音）的神秘女子，为了成为能够配得上公主的人，砂户太郎决定好好的进行一番自我修炼，就这样，他来到了传说中能够实现愿望的第二义工社。 迎接砂户太郎的，是名为石动美绪（竹达彩奈 配音）的金发女子，在她娇俏可人的外表之下，隐藏着专横跋扈残暴无理的一面。此外还有外冷内热的紫发少女结野岚子（早见沙织 配音），在一连串匪夷所思的意外事件之后，砂户太郎对于自己是否真的能够完成心愿产生了深深的怀疑。
故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。 平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。
银河天使动画第四季。游戏主角之一的乌丸千岁终于登场。
