数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
藤桥凉（高森奈津美 配音）是在工厂里上班的女白领，深受下属和同事们的信赖。某日，一个名叫水野飒马（伊东健人 配音）的男人找到了她，拜托她帮忙参加一场联谊会。水野是凉的青梅竹马，两人从很小的时候起就认识了，如今的水野是一名消防员，不知道他成长的过程中遇到了什么变故，导致他现在的性格非常的轻浮，总之对于凉来说，水野并不是一个理想的恋爱对象。 然而，让凉没有想到的是，自己的公寓竟然发生了火灾，房屋尽毁，无奈之下，凉只得暂时搬到了水野家里，两人就这样开始了“同居”生活，凉也因此看到了水野不为人知的另一面。
齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。 然而，齐木楠雄的身上似乎散发着吸引怪咖的电波，笨蛋不良少年燃堂力（小野大辅 配音）、中二病末期患者海腾顺（岛崎信长 配音）、色胆包天的灵能力者鸟束零太（花江夏树 配音）、从头到脚从内到外都闪耀着完美光辉的照桥心美（芽野爱衣 配音），这些千奇百怪个性迥异的怪人们总是一次又一次的将力求平凡的齐木楠雄拖入麻烦之中。
萌田薰子是一名十五岁的女子高中生，同是也是一名四格漫画家。从很小的时候起，薰子就渴望着漫画家这一给读者带来快乐的职业，并且一直想着实现理想而方向努力前进着。怀揣着理想，薰子搬进了专门为漫画家提供住所的女子宿舍，在这里，薰子解释了一群志同道合的好友们。 个性开朗思想单纯的少女漫画家恋冢小梦、虽然表面看来十分正经害羞，但实际上却创作出了令人血脉喷张的工口漫画的色情漫画家色川琉姬、常常因为过于带入到自己所创作的角色中而惹出很多笑料的少年漫画家胜木翼，和这些同道中人们在一起，薰子每一天都向着理想又迈进了一步。
他们拥有梦想。 总有一天，飞向广阔天空的梦想。 知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。 遥远的未来。 人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。 在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。 孩子们就住在那里。 对外面的世界一无所知。 对自由的天空一无所知。 他们被告知的使命，只有战斗而已。 敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。 为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。 他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。 有一位曾被称作神童的少年。 代号016。名字是广。 但他现在却跌落谷底。 是不被人需要的存在。 如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。 在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。 她的额头，长着两根艳丽的角。 “——找到了哦，我的DARLING”
