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一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。                                                                      　　星野航（中村悠一 配音）是在岛上学习生活的高中二年级男生，某日，他所在的学校里转来了一位名叫泽城凛奈（河合春华 配音）的女生。对于这个人员不断流失的小岛来说，新鲜血液的加入是一件多么新奇的事情啊！泽城凛奈究竟为什么会从热闹的大城市转学来到这座萧条的学校里呢？没过多久，泽城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、浅仓奈绪子（筱崎双叶 配音）、六条宫穂（草柳顺子 配音）等好友。

故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。                                                                      　　與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla　Destiny　Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。

伊庭树（福山润 配音）是一位平凡的少年，在一场意外中，他失去了右眼，不得已带上了眼罩。伊庭树的个性格外懦弱胆小，稍有不慎就会吓到晕倒。七年前，伊庭树的父亲无故失踪，七年过去依旧了无音信，依照法律，伊庭树即将继承父亲的财产——一间名为阿斯特拉尔的公司。                                                                      　　让伊庭树没有想到的是，这间表面看来十分普通的公司，经营的竟然是租赁魔法使的生意，个性活泼温柔体贴的穗波（植田佳奈 配音）、美丽高贵的阿缔莉西亚（高桥美佳子 配音）、稳重可靠的猫屋敷莲（诹访部顺一 配音）、活泼乐观元气满满的葛城美贯（钉宫理惠 配音），这些异于常人的魔法师们接二连三出现在了伊庭树的生活中，胆小如他，伊庭树能够应付的过来吗？

　　潜伏的怪物威胁、异世界的怪物，砂糖人。
　　人们并不知道，它们已经秘密进入了人间界。
　　人们也不知道，它们正袭击和绑架人类。
　　为了保护人类，一位青年挺身而出！
　　那是一位非常喜欢吃东西的青年——生真。
　　通过吃下糖果，生真能创造出成为其眷属的存在「饱藏」，并获得变身为假面骑士的力量。
　　现在，生真为了保护人们的幸福而与砂糖人战斗的故事开始了！