负责医治地球的异世界“治愈花园”被企图用疾病侵蚀地球的敌人“病幻者”袭击而陷入危机，地球亦陷入危机之中。 为了挽救这个危机，顺利逃走的3只“地球医生见习生”的“治愈动物”们，带着藏有神秘力量的治愈花园的公主拉特，正在前去寻找拍挡。 三名普通少女先后遇到“治愈动物”，变身成光之美少女，向“病幻者”宣战。 感应到“病幻者”的攻击而失去生机的拉特，重要的地球，还有在这里生长的所有生命，抱持保护这一切的感情的光之美少女，现在，把治疗地球的力量结合起来吧！ 那开始吧！光之美少女的作战！
故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
在美国有一座古老的小山丘，山上的教堂里有个叫做保儿之家的孤儿院。里面的两个修女宝妮和雷恩照顾着许多孤儿。在一个大雪的夜晚两个修女听到了婴儿的哭声从外面传来，顺着哭声找去看到了两个在襁褓里的婴儿。她们分别叫甜甜怀特和安妮，转眼10年过去了，小伙伴们渐渐的都被领养走了，甜甜却不愿离开，她和安妮就像亲姐妹一样不愿分开。一次她和安妮外出遇到危险被有钱人布莱顿救下，后来安妮被布莱顿夫妇收养过上了幸福生活。一天甜甜思念安妮在山坡上哭泣，遇到了吹着风笛像童话里王子一样的英俊少年，自从遇到这位心中的白马王子后，甜甜对美好的未来充满了希望。在孤儿院最被宠爱的甜甜，后来来到莱根家给伊莎小姐当玩伴，第一天到莱根家就被伊莎和尼爾兄妹欺负，今后究竟怎样的命运在等带着甜甜呢？
曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的亚斯塔……这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。
