基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
我就一个死宅，为什么来到了这个可怕的玄幻世界？！哈哈，可惜我是无敌的。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城， 零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来 的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在 个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤， 零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱 克学员的路程。
