神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
巴斯沉入海底之后，被忠实的手下夸克救出。新的一届陀螺大赛开赛了，本次的奖品是基因块。巴斯为了夺得基因块，创建了陨石队，一同大战劲爆战队。他们在试炼之岛，和各国高手大战，巴斯的新队员实力非常强大。他们的陀螺全部升级为第二代。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
