在古老而神秘的喵星球上，有一种神奇强大的能量，它能释放各种能量精灵，为了防止这种强大的力量被坏人利用，喵能战士肩负守护喵星能量，维护宇宙和平的重任。“精灵宝匣”是召唤和收服能量精灵的神器，然而精灵宝匣被盗，能量精灵四处破坏，地球陷入空前危机，喵能战士即刻出击！
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，黑魔仙小月（周娇 饰）偷偷修炼黑魔法，还想要盗走魔仙彩石。守护魔仙小蓝（廖景萱 饰）为了追寻魔仙彩石的下落来到了人间，藏身于音乐盒中，偶遇了善良的姐妹凌美淇（孙圳 饰）和凌美雪（黄安仪 饰）。 小蓝住进了姐妹俩的家中，化身成为他们 的保姆，三人共同度过了一段充满了幸福和快乐的生活，彼此之间结下了深厚的友谊。魔仙女王（王慧 饰）特别准许小蓝教授两姐妹魔法，美淇和美雪成为了小魔仙，与此同时，小月亦在人间结识了名为严莉莉（刘美含 饰）的女孩，将她变成了小黑魔仙。在人间，一场正义和邪恶之间的战争即将拉开序幕。
在距离魔仙堡不远的地方，有着另一个魔法王国，名叫“魔法彩灵堡”，这里是一个充满色彩、充满欢乐和充满幽默感的世界。彩灵堡魔法世界仿佛就是一个无忧无虑、和平欢乐的魔法国度。直至一天，在彩灵 堡魔法王国边缘，一个黑灰色的小岛上，小岛的主人——黑咒魔王刚从长眠中醒过来。黑咒魔王为了要让黑咒岛变得更强大，他的方法就是要将彩灵堡的“色彩魔法能量”占为己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潜入彩灵堡，偷取色彩能量。彩灵堡公主眼见自己的国民被欺负，自己又因为被神秘的咒诅变成了一只精灵而无计可施。但她怎么也想不到，竟然会有三个来自人类世界的奇怪美少女，成为她的亲密伙伴，跟她一起对付黑咒魔王。而这魔法小国和平欢乐的气氛也因为这三个从人类世界闯进来的少女而发生了很大的变化
宅男林北辰在机缘巧合下得到一部手机，手机带他进入到了一个叫做东道真洲的世界，在这里，他成为了北海帝国十大名将之一【战天侯】林近南的嫡子，同时也是个臭名昭彰的败家子，且天生带有脑疾。适逢战天侯林近南战败，家道中落，失去了靠山的林北辰，被各路‘仇人’堵在学校里无法出门，危急时刻，他惊讶地发现，自己随身带来的手机，竟是一个可以辅助练功的外挂神器。依靠这个神器，林北辰开启了自己的爆笑逆袭之路。
魔晶学院近在咫尺，千瑞，御风和乌拉拉却被挡在了门外。失落的大家遇到了学长吉吉特，在吉吉特的帮助下，千瑞他们认识了绿色学院的长老天劫，还阴差阳错的获得了考试资格。大家一路过关斩将，顺利通过了五大长老严苛的考试，终于成为了魔晶学院的学生！然而当初答应天劫长老的要求，却让大家惹祸上身，一场大战在所难免。而魔晶学院16年前的秘密也逐渐被揭开。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
