神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
因天书法力消散，守护之地“敦煌”将会有大难降临，舞天姬临危受命，下凡修缮天书。为完善天书法力，则需要重新经历天书中原本记载的故事。舞天姬带着神兽——天使猪猪来到了敦煌古城。正当她对如何开始修复天书一筹莫展之际，却意外误入莫高窟的壁画世界……
