《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
九界唯一体修至尊，惨遭至交厉云飞背叛，身死道消。机缘巧合保留神魂不灭，意外降临到青云门将死弟子萧晨身上。重生一世，萧晨不仅复活，更是天赋觉醒无上神通，更要发誓拿回属于自己的一切，以“诸天尊”的身份走出了自己的神通大道。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
霍雨浩结束交换生生活回到史莱克学院后，和贝贝、徐三石、和菜头等人一起参加了海神缘相亲大会，并在大会上与恢复女儿身的王冬儿相认定情。但没过多久，史莱克学院转来了一个和王冬儿长得一模一样的女孩——王秋儿。新一届全大陆高级魂师学院斗魂大赛在即，霍雨浩一行决定代表唐门出战。
故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
