「莉可丽丝」Friends are thieves of time.

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。                                                                      　　如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。                                                                      　　后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支特殊部队，以驾驶巨型怪物形状的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。                                                                      　　“我去解决"。                                                                      　　现在，在布莱泽奥特曼之光的笼罩下，弦人队长将与新组织的SKaRD的特殊成员一起，投入到与怪兽的新战斗中，他的心中深藏着坚实的勇气和坚定的正义!

天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”

　　以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。
　　战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派，
　　与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。
　　在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列
　　从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。
　　相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。
　　获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜，
　　和《人界》军一同与美国玩家展开死战，
　　而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。
　　随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。
　　不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们，
　　将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！
　　这场大战不只关系到Underworld的存续。
　　还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。
　　而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。
　　《Alicization》篇，在此完结！