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宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。

　　人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！                                    
                               　　让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——                         

　　灰岛公誓（小野贤章 配音）是一个将全部的热情都倾注到了排球这项运动上的少年，然而他的过分认真却导致了一场意外的发生，令灰岛不得不告别了东京，搬回了老家福井重新开始新的生活。在福井，生活着灰岛的青梅竹马黑羽祐仁（榎木淳弥 配音），当得知童年好友即将归来时，黑羽心中充满了兴奋之情。
　　然而，灰岛的性格早已经和从前不同了，一连串事件的发生导致了灰岛和黑羽之间友情的破裂。一转眼来到第二年，灰岛升上了当地的高中，理所当然的加入了学校的排球队，在这里，他遇见了体型娇小却热血满满的主将小田伸一郎（伊东健人 配音）和他的搭档毒舌副将青木操（梅原裕一郎 配音）。

不起眼的高中生结城宏偶然地入手了一款完全潜行RPG游戏任务。与在封面写着结合了广大技术力所制作出的这款游戏是“极度拟真现实”的宣传标语不同，不管是图形、NPC 的举动、草木的香气或是肌肤感受到的微风，全部都是非常讲究的呈现出来，实在太过于真实，被称作几乎不可能过关超级麻烦的游戏。 除了这件事以外，身体能力也和现实完全一样。如果被殴打的话会痛，被砍伤的话伤口好几天都不会治好。贴近真实的游戏体验，没办法保持轻松愉快的情绪游玩，来攻略这款超有压力的游戏吧！

　　在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 　　ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 　　失去部分记忆的主人公・艾克莱尔和拍档・琉米艾尔，在GOTT局长・艾克莉普丝的命令下，为守护银河住民的应有财产与权利而执行着特殊任务。随着故事的推进，艾克莱尔逐渐将记忆取回，同时，这也预示着一个将全银河都卷入的大事件的到来……