古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
为了打倒那个害他家破人亡的叔叔，少年玄天踏上了剑道的修行。从懵懂少年到一代剑神，曾经认为的强者现在已如微尘。一指诛神皆寂灭，我以我剑逆苍穹！而他的征途，便是那无尽的苍穹！
隐仙山上，林阳一直被师父贬低称自己资质平庸，被派下山寻找极阴体质的圣女以双修提升修为。于是他带着师父的教诲和一颗求道之心，踏上了这条充满挑战的修行之路。在一次偶然的救助中，他以仙术治愈了一位重伤之人（林父），伤者看林阳神力通天，于是邀请其参加“仙道大会”，林阳欣然接受，并决心在大会上进入仙门！然而，他所不知的是：自己其实早已达到了大罗帝境，只是这份力量深藏不露，待到关键时刻必将震撼世人，引领他走向仙道的巅峰！
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
