基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
童话世界迎来了怪物和人类和平共处的新时代。但上一轮危机的始作俑者巴罗在进入黑暗大门后，被激活了身体内隐藏的神秘血脉。远古基因残存的记忆驱使巴罗去带领远古怪物们向人类复仇，巴罗彻底解开了在上一轮激战中，从黑暗大门的裂缝里逃逸出的三个怪物的封印，他们的能力苏醒，开始大肆破坏城市。猪猪侠震惊之余，得知自己的爸爸巴罗竟然是怪物的首领，决定找到爸爸，让他改邪归正。在已经走上歧途的父亲面前，猪猪侠没有选择助纣为虐，而是决定用亲情呼唤父亲的本心，终于让迫在眉睫的危机再一次消除。
因天书法力消散，守护之地“敦煌”将会有大难降临，舞天姬临危受命，下凡修缮天书。为完善天书法力，则需要重新经历天书中原本记载的故事。舞天姬带着神兽——天使猪猪来到了敦煌古城。正当她对如何开始修复天书一筹莫展之际，却意外误入莫高窟的壁画世界……
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
天生拥有“冰火同源”体质的融念冰，自小被冰神塔追杀，跳崖明志后被“鬼厨”查极所救并收为徒，悟到“以魔入厨”的奥义。只身来到冰雪城后，一边精进厨艺，一边苦修魔法，念冰惊人的实力初现端倪。然而，危机接踵而至，念冰是否能化险为夷，成为仰光大陆顶级魔法师？
