神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
男主角王小修，是个普通的大学生，他暗恋同学沈瑶却不敢表白，意外得知女神对自己的好感后，被坏人盯上，然而当自己在桥上面对胁迫时，反击并沉入河水，意外获得宇宙终极系统...
故事发生在长白山深处的一座神秘村庄——本草村，这里的居民是一群无忧无虑的小精灵。我们的主人公参宝，和他的朋友们——萝卜、茸仔、乌拉草以及小女孩糖糖，一起过着幸福快乐的日子。可是有一天，一个飞碟坠落在长白山上——喜欢破坏美好事物的外星人拉比来了，他的到来打破了本草村平静而快乐的生活!参宝和他的伙伴们用自己的力量，与外星人展开了一场斗智斗勇的保卫战，最终找到了与他们和平共处的办法。
在马兰山下，有一对孪生姐妹，大兰和小兰。大兰懒惰而整天与老猫玩耍，而小兰则因勤劳嫁给了山上的青年马郎，共同过着幸福的生活。然而，山上有只老狼一直渴望得到传说中的马兰花，为了过上不劳而获的生活。当小兰和马郎回家看望父母时，她们带来了丰富的礼物。大兰嫉妒之心油然而生，误会小兰头上戴的小花是传说中的神奇马兰花。大兰决定争取这朵花，以实现自己的愿望。 在老狼和老猫的怂恿下，大兰展开了一场争夺马兰花的行动。不幸的是，在这个过程中，由于大兰的贪婪和不顾后果，小兰不慎掉入河中。大兰意识到自己的错误，感到愧疚和内疚。当马郎出现时，大兰无奈地冒充小兰，一同登上马兰山。在这次冒险中，她经历了风吹雨打，历经千难万险，最终获得了传说中的马兰花。有了这朵神奇的花，她希望能够实现愿望，让妹妹“活过来”。
